Целите, които Асоциацията е поставила пред себе си, са свързани с:
• подпомагане дейността на членовете на Асоциацията;
• развитие на сътрудничеството между отделните членове;
• оказване на съдействие за интегриране на българските морски и речни пристанищни структури към структурите на Европейския съюз:
• представляване на сектора пред български и чуждестранни институции;
• защита на правата и интересите на своите членове, издигане авторитета им, повишаване на квалификацията и професионалната им култура;
• взимане на участие в обсъждането и разработката на нормативни актове, свързани с дейността на членовете й и корабоплаването.