Органи на управление на Асоциацията на българските частни пристанища и пристанищни терминали са Общото събрание и Управителният съвет.
Общото събрание на сдружението се състои от всички негови членове. Всяко юридическо или физическо лице, член на Асоциацията, има право на един глас в Общото събрание.
Съгласно Устава на Асоциацията, Управителният съвет се състои от до 6 лица. Към настоящия момент, действащият Управителен съвет е в състав от трима души. Той ръководи работите на Асоциацията съобразно закона, устава, вътрешните актове и решенията на Общото събрание.
Членовете на Управителния съвет се избират за срок от 3 години. Управителният съвет избира от своя състав Председател и Заместник председател. Председателят представлява Асоциацията пред трети лица и е с мандат, съвпадащ с мандата на целия Управителен съвет. Председателят организира, ръководи и контролира изпълнението на решенията на Общото събрание и Управителния съвет в съответствие с Устава.
Дейността на Управителния съвет се подпомага от Секретар.